今天的「靈恩運動」起源自巴罕發起的「五旬節運動」，又為其學生瑟木發揚光大。人們一般稱這階段為「第一波靈恩運動」。到了1960年代，靈恩運動開始滲透至各「主流教會」之中，被稱為「第二波靈恩運動」。
由1901年至1950年代末了，由巴罕引發的五旬節運動一直遭主流教會排斥，他們也同樣指摘當時的主流教會，雙方楚河漢界、壁疊分明。然而經過數十年日子，兩者互相排斥的情緒冷卻，加上主流教會受新神學思想的衝激，靈性光景死寂；五旬節教派卻發展得越來越有「規模」，藉他們所謂的「神蹟奇事」吸引許多不明白真理、著重追求靈異經歷的人；他們甚至有自己的「神學院」，發展出許多鼓吹「靈恩」的教義道理來！此消彼長，靈恩運動進入主流教會其實只欠一個「機遇」。不久，這個「機遇」來到了。一位聖公會牧師丹尼士班納德（Dennis Bennett）把靈恩運動引入了聖公會。
這位聖公會牧師（班納德）於1953年至1960年在美國加州的聖公會聖馬可堂做教區長。在此期間，因得悉教會內有教友參與一所靈恩教會的祈禱會，他也前往參加聚會，並在一次禱告會之中突然說起新的方言來。自此他正式接受了靈恩的思想，並在教會中暗暗領導一些信徒追求靈恩，直至1960年離開這所教會。他離開時，教會中已有數十人有各種奇異的「屬靈恩賜」，其中包括了好些「說方言的」。
班納德離開聖公會聖馬可堂之後，到了位於華盛頓瀕臨關閉的聖公會聖路加堂事奉。按靈恩派人士稱，這所「聖路加堂」成為了「靈恩更新運動」的中心，不但影響了很多聖公會教會，也影響無數其他宗派的教會及牧者接受了「聖靈的洗」。在這所小教會中，他高調宣傳「靈恩」的道理。他們仍然維持「傳統」的主日禮拜聚會，但星期二晚上的祈禱會卻成為他們推動靈恩運動的基地。多年以來，數以百計的信眾參加這個聚會，每次都有很多人得著靈恩式的「屬靈經歷」。他們接觸信徒的範圍甚廣，包括了許多浸信會信徒、循道會信徒、長老會的教友，甚至天主教徒。
班納德又受邀前往各處教會去宣傳靈恩的信息。他鼓勵信徒各在自己家中組織「靈恩小組」，使很多教會受靈恩的思想滲透。過不多久，原本反對班納德靈恩思想的加州聖公會接納了靈恩運動；甚至加州聖公會主教派克（James Pike）也接受了靈恩運動（這位主教後來成為一個醉心於藉「靈媒」進行「交鬼」的人）。
因著班納德的影響，聖公會成為最先被靈恩運動滲透的教會，變為新靈恩派的宗派。有人估計，在以後的十年間，主流教會說方言的平信徒增加至一百萬之眾。他們從起初抗拒、排斥五旬節運動，變為以「靈恩運動」來「更新」自己的教會。正因如此，靈恩教會的人常稱主流教會的改變為「靈恩更新運動」。
聖公會於1959年加入了靈恩運動，緊隨其後的是路德會（1960年），然後是長老會（1962年）。過了不多幾年（1967年），兩位天主教神學教授把「靈恩更新運動」帶至天主教教會中。天主教的「靈恩更新運動」旋即於兩三年間發展成為世界性的運動。這所謂的「靈恩更新運動」在短短數年之間席捲主流教會的多個大宗派及體型龐大的天主教，靈恩運動的力量日漸擴大，使很多教會和信徒深受影響。有些教會名字依舊，教會中的人卻全都接受了靈恩，追求方言及各樣「屬靈經歷」；堅拒靈恩的信徒只有離開自己的教會。直到今天在基督教主流的圈子裡已很難聽見反對靈恩運動及靈恩思想的聲音，甚至「反對靈恩運動」的聲音被看為偏激，很多教會領袖甚至以自己能包容靈恩教會為榮耀。
教會對靈恩運動的立場由最初的拒絕、排斥，變為現今的包容、接納，這並不是主裡的愛心和包容的表現，卻是給魔鬼留了地步。自20世紀中葉以來，主流教會深受新神學思想影響，靈性大大倒退。他們沒有在主面前按著真理尋求得著靈性的復興，卻在「靈恩運動」中尋找他們所要的「更新」，這是藥石亂投，結果招來惡果！
主流教會在短短數十年間深受靈恩運動滲透，反對靈恩運動的聲音日減，靈恩的勢頭卻越來越強大。直至1980年代，靈恩運動又再有了新的突破性進展，越來越多荒誕無稽的道理憑空而來，與聖經教訓相差甚遠，然而主流教會（甚至福音派教會）仍對他們有無限的「包容」，甚至全盤接納。
使徒保羅的話應驗在我們眼前：「因為時候要到，人必厭煩純正的道理，耳朵發癢，就隨從自己的情慾增添好些師傅，並且掩耳不聽真道，偏向荒渺的言語。」（提後四3-4）
因此，願我們都鄭重留意聖經的教訓，好好保持自己的心，與異端錯謬的道理隔離。