「靈恩運動」起源自二十世紀初巴罕引發的「五旬節運動」（常被稱為「第一波」）；到了1960年代，本來與「靈恩派」壁疊分明的「福音派教會」（以大宗派教會為主）陸續接納了「靈恩」。這種骨牌般的龐大效應使「基督教」的教會有了極大（又極壞）的改變（被理解為「第二波」）。短短數十年間，主流教會反對靈恩的聲音消失，擁抱靈恩卻成了新的潮流，席捲眾教會。
我們必須問一個問題：「為何靈恩運動能夠大舉滲透原本信奉純正福音的主流教會呢？」曾有一段頗長的時間（1901至1950年代末），福音派教會一直拒絕靈恩運動，屢屢指斥他們的錯謬；靈恩派教會也不停指斥福音派教會為偏激的排外者。然而其實當時眾教會的信仰靈性光景，以及因受新神學派衝擊所產生的思想變化一直在暗中發酵，直至後來演變成大舉接納靈恩運動的結果。
（一）信仰靈性之倒退
教會變質，信徒跌倒，歸根究底原因必然是信仰及靈性的倒退及衰敗。我們不能只把責任歸咎於充滿艱難試誘的環境，正如耶穌在撒種比喻說到有些信徒心田像土淺石頭地，他們心中沒有根，雖然聽見真道後立時歡喜領受，但太陽出來一曬，真道的幼苗便枯乾。他們的枯死不能怪責太陽太猛，因為太陽原是植物「生存之所需」，正如信徒生命需要「試煉」一樣。他們是死於自己不扎根。
保羅提到「時候要到，人必厭煩純正的道理，耳朵發癢，就隨從自己的情慾增添好些師傅，並且掩耳不聽真道，偏向荒渺的言語。」（提後四3-4）當信徒靈性倒退，失去渴慕主的心，自然要尋找許多荒渺言語替耳朵搔癢；若傳道的人靈性枯竭，危機就更大了！這樣的例子，在教會受靈恩運動影響的歷史中屢見不鮮！正如第一位把靈恩運動帶進聖公會的班納德牧師（Dennis Bennett），正是因著眼見自己及教友信仰靈性都枯槁，後來偶然有了「靈恩經歷」後，不但自己誤入歧途，更把主的羊群都引進了錯謬裡（詳情請參看另一篇文章：「第二波靈恩運動的開始」）。
因此保羅曾在米利都警戒以弗所教會中作長老的，指出他離去之後「必有兇暴的豺狼進入你們中間（以弗所教會中間），不愛惜羊群」，而且「就是你們中間也必有人起來說悖謬的話，要引誘門徒跟從他們。」（徒二十29-30）因此保羅離開之時只能把教會交託神和祂恩惠的道，好讓教會專注在真道上自建，讓神和祂的恩道在信徒心中，保守信徒及教會的純正。
昔日靈恩運動大舉滲透主流福音派教會之時，當然主流教會靈性枯竭是最核心的病因，這種靈性枯竭衰敗乃與當時冒起的「新神學主義」及「新福音主義」息息相關。因信徒靈性枯竭，當時許多傳道的人（值得懷疑是「假師傅」）發明許多奇奇怪怪的道理，替信徒的耳朵搔癢；與此同時，信徒的靈命既得不著真道的培育，他們便變本加厲地隨從情慾，增添師傅，進入了惡性的循環。
（二）新福音派之興起
(1) 受「新神學派」病毒的感染
所謂「新福音派」，我們不要以為是純正的「福音派教會」。吳主光先生曾如此說：
「百年來，教會一直小心防範『新神學派思想』，因為它不信聖經，不信神蹟，不信來生，不信任何靈界的事物，最後甚至發展到連神的存在也不信，宣佈『上帝死了！』可是，『新神學派思想』容易防範，由感染『新神學派思想』而變質的『福音派』，稱為『新福音主義』就難防得多了。」（2004年6月整全報〈新福音主義〉）
所謂的「新神學派」、「新神學思想」，簡單說就是「不信派」。他們說自己是「信耶穌」，但卻「不相信聖經」，對聖經作出各種層次的批判。在他們眼中，聖經是一卷普通的書，人可以憑著今世的考古學及科學方法判斷聖經的真偽。他們不相信聖經中的神蹟，以今天各種科學方法解釋聖經所記的超自然神蹟奇事。舉例來說，他們認為創世記的創造記錄不過是神話，又認為出埃及記的十災是古時一座巨大火山爆發所引起的連串效應。他們質疑聖經的作者及寫作年代，挑戰聖經中有關天國及地獄永死的教訓，曲解聖經，因為聖經在他們眼中並不是從神而來的無誤啟示。因著這種藐視聖經的態度，他們也不會持守聖經的真理教導及信仰原則，甚至淡化一切從聖經而來的基要信仰教義。
「靈恩運動」從開始便是一種不強調教義，偏重於個人情緒感受及靈界體驗（但不一定是從神而來的靈界體驗）的運動。靈恩派人仕教導會眾不要對任何來自靈界的事情作出質疑，以免「褻瀆聖靈」，這是靈恩運動第一波（即1901年起由巴罕開始的「五旬節運動」）已經顯明的顯著特色。受了「新神學思想」病毒的感染，「新福音派」人仕竟然培養出一種「不著重教義」的土壤，結果到1950年代末，聖公會首先在一些「有心人」（以上文所說的班納德牧師為先鋒）牽針引線之下，與靈恩運動「一拍即合」，開始了這個不能逆轉的勢頭。
「一點麵酵能使全團都發起來。」（加五9）由公認第二波靈恩運動進展至今已有50年，這一麵團已經大大地「發起來」，一發不可收拾，遍及整個基督教圈子了。教會的確需要認識產生了這個「偏差」的原因，拒絕再走錯誤的道路。
(2) 主張與異端「對話」
受了「新神學思想」病毒的感染，「新福音派」質疑聖經的權威，不再持守聖經啟示的信仰及真理立場。隨之而來的後果，乃是許多的人起來用「人的方法」回應異端、異教及世俗文化的衝擊。這些人高舉屬世的包容與接納的普世價值，開始提倡以「對話」及「溝通」處理基督教教會與異端異教（甚至如同性戀運動及各種世俗文化）之間的衝突及矛盾。
1987年，靈恩派領袖在美國的紐奧爾良（New Orleans）舉行了一次為期五天的靈恩派大會（主題：The Holy Spirit and World Evangelization）。出席大會的包括了當代靈恩派的著名領袖，又有基督教福音派領袖及各大宗派的代表（如：浸信會、聖公會、循道衛理教會），甚至包括了猶太教及天主教。大會由美國的著名基督教牧師葛培理主領開幕儀式及演說——他是「新福音派思想」的表表者，素來大力推動靈恩運動及與天主教合一的運動。五天的大會中，來自各界不同的宗教領袖主領聚會；同時大會期間的每個早上都設有天主教神甫主持的早晨彌撒，與會者不分宗派（甚至不分宗教）參與彌撒領餅與杯！這絕非包容與接納，這是信仰上的大混亂！
照聖經的教訓，面對異端假道的戰場不是談「包容」與「接納」的場所。神沒有吩咐我們藉「對話」和「溝通」減低矛盾、消解衝突。保羅也沒有勸提摩太與以弗所那幾個「傳異教」的人好好溝通，減少磨擦，卻吩咐提摩太要「囑咐那幾個人不可傳異教」（提前一3）。耶穌在世時，那些假冒為善的文士和法利賽人走遍洋海陸地，勾引人入教，使受騙者「作地獄之子」（太廿三15）。耶穌並不是與他們建立對話平台，與他們召開大會去作「和解」，卻是公開指責他們為「瞎眼領路的」（太廿三15）。主耶穌如此行，既是警戒他們不可再迷惑民眾，又是要使跟從主的人對他們有所防範。
相反耶穌大大讚賞推雅推喇教會中那些辨別出異端教訓並堅決拒絕的信徒：「至於你們推雅推喇其餘的人，就是一切不從那教訓、不曉得他們素常所說撒但深奧之理的人，我告訴你們，我不將別的擔子放在你們身上。但你們已經有的，總要持守，直等到我來。」（啟二24-25）故此在這末期將臨的日子，對錯謬教訓的「不從」變得越來越重要了，甚願主的教會都能常常存警醒的心堅拒靈恩的錯謬。